上海交通大学水下工程研究所成立于1986年，其前身为水下船舶设计与制造教研室及深潜研究室。该所下设总体研究室、机电研究室、深潜实验室及计算机房，其下属的南洋国际水下工程公司是研究所联系国内外市场的窗口和桥梁。研究所的主要研究设计领域为：载人潜水器研究与设计，无人潜水器及其它水下作业系统研究与设计，水下运载体的结构、性能及机电设备的研究与设计。该所还担任培养博士研究生、硕士研究生及本科大学生的教学任务。该所是我国第一艘载人潜水器的主要的研制单位及技术现任单位。该潜水器的研制成功使我国在该领域进入世界先进行列。该项科研成果获国家科技进步一等奖。该所独立或与国内外单位合作发展了我国第一艘无人遥控潜水器以及一系列具有不同功能及用途的无人遥控潜水器（ROV）。这些ROV在我国渤海、东海、南海的海洋石油勘探中，在内陆水库、河流的水坝、水下管道的检查中都得到了广泛的应用，给用户带来了良好的经济效益。1989年以来该所获得部级科技进步一等奖一项、二等奖一项，海军及部级三等奖多项。目前研究所正致力于海底管道、电缆的铺设与检查，深海矿产采集以及水下石油生产系统的研究与开发工作。该所正式出版专著、译著、教材17本。